La nueva sede de la Fundación Rei Afonso Henriques, localizada en pleno centro histórico de la ciudad de Bragança, se situa en un edificio recuperado por la Cámara Municipal cuya existencia sirvió a nobles fines a lo largo de los años.
La primera referencia literaria del edificio surge en la primera mitad del Siglo XIV como Iglesia de San Juan Bautista, una de las parroquias de Bragança. Como resalta Luís Alexandre Rodrígues "El Edificio, de modesta dimensión, tiene una torre de campana y atrio. En la parte interior una sola nave. Junto al arco de la Capilla Mayor estaban los altares de Santa Catarina y de San Sebastián. En el cuerpo de la Iglesia todavía había dos capillas: en el lado del Evangelio estaba la de Nuestra Señora de la Consolación, correspondiéndole en el lado de la Epístola la del Santo Nombre de Jesús" .
Mandada construir por María Pires de Morais, natural de Bragança y descendiente de una noble familia, vendría a ser después propiedad de João Salgado de Vasconcelos, de Domingo Lopes Nogueira, abad de Mofreita y de Bernardo Batista de Fonseca y Sousa, de la Orden de Cristo, fidalgo de la Casa Real y superintendente de las Coudelarias de Bragança.
Como menciona el Abade de Baçal "una de las obligaciones de los Abades de San Juan era hacer los oficios de la Semana Santa con la asistencia de seis presbíteros". El cambio de sede del Obispado de la ciudad de Miranda do Douro para Bragança, implicando una nueva organización religiosa de la ciudad, vino a determinar que, en Enero de 1768, el Obispo D. Frei Aleixo de Miranda Henriques transfiriese la iglesia de la freguesia de San Juan Bautista para la sede de la Sé Catedral. Esta decisión provocó el cierre de la Iglesia y el estado de abandono al que quedo abocada a partir de entonces.
El día 12 de noviembre de 1902, la pequeña capilla fué vendida por Bernardo Sepúlveda al Banco de Portugal por 500.00 reales para instalar allí su sede, siendo después comprada a la Cámara Municipal el terreno adyacente a la capilla, delimitado por un muro, por el precio de 267.000 reales. Las obras de adaptación al edificio (1903-1904) quedaron a cargo de Bernardino de Sousa y del arquitecto Adães Bermudes que le dieron un nuevo trazado. Durante cerca de 20 años se mantuvo allí la sede del Banco hasta ser transferida para la Rúa 1º de Diciembre y después al Solar de los Veiga Cabral (propiedad del noble Sá Vargas), hoy recuperado como Centro de Arte Contemporáneo Graça Morais.
Adquirido por el Municipio de Bragança a António Manuel Pires Meireles y Maria Irene da Mota Pires, por escritura pública fechada a 14 de abril de 1989, el edificio fue restaurado para situar en él, hasta 2003, el Gabinete Técnico Local (G.T.L.) con atribuciones en materia urbanística, el gabinete de arqueología de la Cámara Municipal de Bragança y la Junta de Freguesía de Santa María hasta el 2009.
En 2009 el edificio fue ampliamente rehabilitado por la Cámara Municipal de Bragança que buscó mantener las fachadas principales del edificio y los elementos arquitectónicos tradicionales patentes en el hall de la entrada y en algunos techos del edificio. Además allí se encontraban las puertas originales de la Caja de Caudales del Banco de Portugal en cuyo interior se instalará la Biblioteca de la Fundación Rei Afonso Henriques.
El Municipio de Bragança cedió a la Fundación Rei Afonso Henriques el inmueble para instalar la sede portuguesa. La sede fue oficialmente inaugurada en día 17 de Junio de 2009 por el Presidente de la República Portuguesa Prof. Aníbal Cavaco Silva y por el entonces Presidente de la Fundación, Prof. Doctor Arlindo Marques Cunha.