Localizado no antigo Convento de São Francisco, reabilitado pelo arquiteto Manuel de las Casas, integra um conjunto funcionalmente eficaz através da combinação da antiga estrutura de pedra com o vidro e o aço dos revestimentos que dominam a intervenção atual. Num espaço de 8000m² (3500m² construídos), o conjunto abriga os seguintes espaços: Salão de conferências, sala de videoconferência (capela do Escalante), sala de reuniões (capela dos Ocampo), sala de exposições (Capela do Dean), Centro de Documentação, Cafetaria, Área privada e Área residencial.
Este recinto, onde se reuniram os Comuneros castelhanos, também serviu como quartel para as tropas francesas, que causaram danos irreparáveis na sua estrutura.
A desamortização definitiva do convento ocorreu nos anos trinta do século XIX.
A sede possui duas zonas bem distintas: a parte arquitetónica histórica e a parte de nova construção.
"A proposta para a criação da Fundação Rei Afonso Henriques neste conjunto de restos góticos é simples: potenciar a misteriosa beleza do inacabado que evoca tempos passados pela inegável capacidade plástica da ruína, e articular, com volumetrias leves, uma sequência de espaços que respondam a um programa. Esta ideia, juntamente com a marca do que foi o conjunto conventual, as vistas privilegiadas sobre o rio e a cidade de Zamora, conduzem à solução adotada: um edifício em forma de "L", que delimita o antigo vazio da Igreja e divide o espaço em dois: um jardim de caráter público, que anteriormente foi ocupado por três naves da Igreja, e outro que ocupa a posição do primeiro claustro do antigo conjunto conventual." (Manuel de las Casas)
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